Zymo Research向環(huán)境微生物學(xué)界發(fā)布了VirSieve生物信息學(xué)管道源代碼，以促進(jìn)全球協(xié)作并支持對廢水中新冠病毒變體的檢測。VirSieve是一個自動計算管道，可分析廢水樣本中新冠病毒的測序讀數(shù)，以更好地了解被監(jiān)測社區(qū)中存在的病毒變異。通過對觀察到的病毒突變的置信區(qū)間進(jìn)行評級，該軟件具有顯著提高病毒遺傳物質(zhì)中任何變化分析準(zhǔn)確性的潛力。
疾病預(yù)防控制中心表示，盡管疫苗的部署對遏制美國境內(nèi)新冠疫情產(chǎn)生了巨大的積極影響，但新的病毒株仍在出現(xiàn)。其中一些菌株（例如 B.1.1.7）由于更大的傳播速度、致病性或疫苗逃逸的證據(jù)，被歸類為“受關(guān)注變種”。廢水下一代測序正在成為近實時社區(qū)監(jiān)測的最可行解決方案。
由于病毒RNA的斷裂和降解，對廢水進(jìn)行的病毒測序難度很大，這通常會導(dǎo)致測序錯誤，最終顯示為假突變。VirSieve可以識別這些假變種，并將其標(biāo)記為低或無置信度，使研究人員能夠以更高的支持程度過濾突變。Zymo Research還提供DNA/RNA Shield，一種在任何病毒滅活后可保護(hù)病毒RNA不會進(jìn)一步降解的試劑，可安全地在環(huán)境溫度下收集和運輸廢水樣本。（美通社,2021年5月12日加利福尼亞州爾灣）
